Khi xếp trong bộ Cá vược, phân bộ này bao gồm 9 họ cá bống.

• Eleotridae (Cá bống đen)
• Gobiidae (Cá bống trắng)
• Kraemeriidae (Cá bống cát)
• Microdesmidae (Cá bống biển sâu, gồm cả Ptereleotridae (cá bống bay)).
• Odontobutidae (Cá bống tròn)
• Rhyacichthyidae (Cá bống chạch)
• Schindleriidae (infantfishes)
• Thalasseleotrididae[2]
• Xenisthmidae (cá bống dừa)

Khi tách ra thành bộ Cá bống, thì phân bộ Cá bống nghĩa hẹp không chứa 2 họ Eleotridae và Odontobutidae. Chúng được xếp tương ứng trong các phân bộ Eleotroidei (cá bống đen) và Odontobutoidei (cá bống tròn). Phân loại cụ thể như sau:

• Bộ Gobiiformes
  • Phân bộ Odontobutoidei
    • Odontobutidae
    • Rhyacichthyidae
  • Phân bộ Eleotroidei
    • Eleotridae (gồm cả Xenisthmidae)
    • Milyeringidae (tách ra từ Eleotridae)[3]
  • Phân bộ Gobioidei
    • Butidae (tách ra từ Eleotridae)[3]
    • Oxudercidae (tách ra từ các phân họ Gobionellinae, Amblyopinae, Oxudercinae và Sicydiinae của Gobiidae)[3]
    • Gobiidae (chỉ còn phân họ Gobiinae, cộng các họ Microdesmidae, Ptereleotridae, Kraemeriidae, Schindleriidae)
    • Thalasseleotrididae